Cztery małe żółwiki i szczur pod wpływem kontaktu z żelem zwanym Ooze mutują, rosną i chodzą jak ludzie. Szczur, który kiedyś obserwował wschodnie sztuki walki uczy żółwie jak walczyć i posługiwać się bronią. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje umiejętności. Miasto popada w ręce bandziorów, wielu młodych ludzi zapisuje się do gangu, którego przywódcą jest niejaki Shredder, dawny wróg szczura Splintera. Leonardo, Donatello, Michelangelo oraz Rafaello decydują się z nim walczyć. A jedyną osobą w mieście, która chce im pomóc jest dziennikarka April O'Neal.

Przez lata Michaelangelo, Leonardo, Donatello i Raphael żyli w kanałach Nowego Jorku, ucząc się sztuki Ninja od swojego mistrza Splintera. Kiedy ogromna fala przestępstw zalała miasto, prawie dorośli zjadacze pizzy razem z gwiezdną reporterką April O'Neil i czujnym Caseyem Jonesem dołączyli do armii, aby powstrzymać ogromny gang kryminalistów i ich tajemniczego przywódcę, okrutnego Shreddera.